로마 순교록에 따르면 성 펠릭스 교황은 로마의 귀족 출신으로 부제였으며, 적어도 두 아이의 아버지로 아내와는 사별하였다. 그의 두 아이 중 하나가 교황 성 대 그레고리우스 1세(Gregorius I, 9월 3일)의 조상이다. 그리고 합법적으로 교황 펠릭스 2세인 그를 펠릭스 3세로 부르는 것은 교황 리베리우스(Liberius, 352-366년 재위) 시대의 대립교황 펠릭스가 사후 교황 명단에 펠릭스 2세로 올랐기 때문이다. 그에 대한 자세한 이력은 알 수 없으나, 그는 교황 성 대 레오 1세(Leo I, 11월 10일) 스타일의 용감하고도 솔직한 로마인이었다.

   그의 재임 기간에 그리스도단성론(monophysitism)이 대두되어 분쟁이 있었다. 482년 동로마제국의 제논 황제는 콘스탄티노플(Constantinople)의 총대주교 아카키우스(Acacius)의 이론에 기초한 "헤노티콘"(Henoticon)이란 일치 포고령을 반포하여 그리스도의 신성과 인성을 인정한 칼케돈(Chalcedon) 공의회의 결정을 무시하고 오히려 단성론을 옹호하는 입장을 취하였다. 2년 후 성 펠릭스 3세는 라테라노(Laterano)에서 교회회의를 소집하여 아카키우스를 파문하고 정통 교리를 재차 확립하였다. 이로써 그는 세속 권력에 대항하여 교회회의를 개최한 위대한 교황으로 부각되었다. 아카키우스 이단은 약 35년 동안 지속되다가 소멸되었다. 그는 재위 9년만인 492년 3월 1일 선종하여 성 바오로 대성전에 묻혔다.