귀족 가문 태생인 성 요한(Joannes)은 키프로스(Cyprus) 섬의 관리인 에피파니우스(Epiphanius)의 아들이다. 그는 어린 나이에 결혼하여 아내와 자식을 두었으나 모두 사별하게 되자 재산을 가난한 사람들에게 나누어 주고 수도 생활로 전향하였다. 그는 애덕을 타고난 듯하였다. 608년에 알렉산드리아의 대주교로 임명되자 그는 즉시 교구의 재산을 가난한 이들을 돕거나 시리아에서 온 피난민을 구제하는데 나누어 주었다. 뿐만 아니라 그는 병원을 찾아 환자들을 간호하는 데에도 남다른 열성을 보였다.

   그는 자기 교구 내에 성직매매나 성직자들의 타락을 맹렬히 공격하여 바로 잡았지만 난처한 입장에 있는 이들에게는 지극히 관대하였다. 재임기간 동안 그는 그리스도 단성설을 종식시키는데 크게 기여하였고, 평화로운 방법으로 정통 교회를 유지하였다. 그러나 페르시아인의 침략으로 알렉산드리아를 떠나야 할 입장에 놓였을 때 니케타(Nicetas)와 함께 콘스탄티노플로 가던 길에 자신의 죽음에 대한 환시를 보고 고향으로 가서 운명하였다.