수색성당의 모체는 1909년 5월 21일 약현 본당에서 분리 설립된 행주(幸州) 본당으로부터 비롯된다. 뮈텔(Mutel, 민덕효) 주교에 의하면(뮈텔 주교일기, 1909년 5월 26일), 행주본당의 초대 주임신부로 김 원영(金元永 아우구스티노)신부가 파견되었다. 당시 행주본당은 한국전쟁을 전후하여 5년간 사제 공석 중 약현(藥峴) 본당의 도움과 평신도들의 헌신적인 노력으로 1953년 10대 주임신부이신 임 충신(林忠信 마티아) 신부님이 부임 하게 된다.

그러나 도시 집중화 현상과 행주성당 주변의 인구 격감으로 1957년 6월 14일 수색동 205번지로 성당을 이전하고 이름을 ‘수색(水色)동 본당’으로 개칭하게 되었다. 이 후 1968년 8월 15일 주임 신부 임 충신(林 忠信 마티아) 신부님에 의해서 1,429명의 신자와 함께 응암동 성당을 첫 분가하게 되었으며, 1970년에는 현재의 성당부지인 증산(繒山)동 221-1번지 435평을 매입 하게 되었다.

1971년 1월 9일 주임 신부 김 윤상(金 允相 베네딕도) 신부님에 의해서 두 번째 분가인 가좌동성당을 분리하게 되고 1971년 8월 12일 현소재지인 증산동(繒山洞 221-1번지의 부지에 건평 232평의 성전을 1차로 이전 건립 하게 된다.

1974년은 수색성당 창설(創設) 65주년을 맞은 해로, 미래의 비약적인 발전을 위해 튼실한 기틀을 다져놓기 시작한 때이다. 신자가족이 급증하고 신자들의 단체도 그 수를 더해 갔다. 이 때 발족된 사목협의회를 비롯하여 교사회, 청년회, 구역 반장단, 레지오 마리애, 연령회, 울뜨레야 등을 연이어 발족 시켰다.

그 후 1988년 4월 10일 김옥균 주교님 집전으로 성당마당에서 기공식 미사를 거행하고 드디어 1990년 5월 26일 김 수환 추기경님을 모시고 지하 2층, 지상 4층, 연건평 906평의 새 성전 건립 준공을 기념하는 성전 봉헌식을 갖게 되었으며 또한그 해 2월에는 본당설립 초대 보좌신부이신 김 효성(요셉) 신부님께서 부임하셨다

  수색성당은 서울특별시 은평구의 수색동, 신사동, 증산동, 마포구의 북가좌동, 상암동, 경기도의 신도읍, 지도면, 원당면 등 거대한 사목행정 구역을 거느리면서 새 성전 준공 약 4개월 후 제 18대 주임신부이신 홍 인수(洪 仁壽 세례자요한) 신부님이 부임하시고 새 성전 전반에 걸쳐있는 모든 사항들이 정리 되어 나갔다.

  1998년 9월 25일 주임 신부 김 득권(金得權 굴리엘모) 신부님에 의해서 세 번째 분가인 신사동 성당을 분리하게 되었으며, 제 22대 주임 신부 남 국현(南 國鉉 사도요한) 신부님에 의해서 2008년 5월 1일부로 고양지구 향동동, 덕은동, 화전동 현천동지역의 교우들 445명을 의정부 교구 행신 1동 성당으로 관할 이전하였다

  스물 두 분의 신부와 함께 역사를 함께한 수색성당은 2008년을 본당설립 100주년을 향한 쇄신의 해로 정하고 이웃 사랑 헌혈운동(108명 참석)과 전 신자 도보 성지순례(절두산 성지), 선교 봉헌식(1,100명 참가), 전 신자 묵주 고리 기도 봉헌, 구역별 연도대회, 전 신자 성경 이어 쓰기 등의 행사로 2009년 5월 24일 대망의 본당설립 100주년을 맞이하게 되고 정 진석(니콜라오) 교구장님 집전으로 국방대학 연병장에서 1,500명의 신자들이 함께하는 기념 미사를 거행하게 된다.

  2010년 2월 25일부로 오랫동안 기도와 열성으로 준비해 오던 상암동(上岩)동 성당(신자 1,462명)을 네 번째 분가하게 되고, 2011년 8월 23일부로 제 23대 주임신부이신 이 기헌(사도요한) 신부님의 부임으로 오늘에 이르게 되었다.